甘肃省中医院于1953年成立，1995年被评为三级甲等中医院，2007年通过复审。医院隶属于省卫生厅领导，是甘肃中医学院附属医院、甘肃省中医学校教学医院，省、市、区城镇职工和居民基本医疗保险定点医院，新农村合作医疗三级定点医疗机构；是全省中医医疗、教学、科研、预防、康复、保健和急救的重要基地。1992年9月甘肃省皇莆谧针灸研究所同甘肃中医药研究所合并成立甘肃省中医药研究院，2007年6月甘肃省中医院受省卫生厅委托接管甘肃省中医药研究院。