创建于1949年，时称华东军区人民医学院。1950年改称上海军医大学。1951年7月正式定名为第二军医大学。学校是国家“211工程”和军队“2110工程”重点建设院校，是军队3所设置研究生院的单位之一，是全国11所开办八年制医学教育的院校之一，是36个“国家生命科学与技术人才培养基地”之一，是我军唯一的外军医学留学生培训基地。