湘西土家族苗族自治州民族中医院座落在湖南省西部边陲新兴城市吉首市。医院创建于1986年，医院的前身是建于1954年的吉首镇联合诊所，1958年改为吉首县中医院，1969年下放，改为吉首镇中医院，1982年恢复市中医院，1984年更名为吉首市民族中医院。1986年8月将吉首市民族中医院划归州管，机构名称为“湘西土家族苗族自治州民族中医院。”；同年又将州民族医药研究所并入新成立的州民族中医院。